为了贯彻“开放、流动、联合、竞争”的方针，为吸引优秀科研人员、联合外部丰富资源、加强基础研究以及促进高新技术探索，实验室在相关研究领域设立开放课题。课题围绕实验室的学术思路，强调环境、生物、信息等学科的交叉融合，开展农业环境污染过程、诊断、控制与修复的创新性基础和应用基础研究，以解决制约我国环境污染、特别是农村环境污染治理与修复的若干重大问题。

实验室设立和遴选开放课题的基本原则是：符合实验室的核心研究方向；提倡创新，鼓励前瞻性探索研究以及产业共性关键技术研究；以我为主、强强联合、优先支持具有国际合作背景的课题申请。课题研究年限一般为2-3年，资助额度2-3万元。自主研究课题按照“公平竞争、择优支持、动态调整”的原则，由非实验室人员自由申报。

2015-2019年，实验室共开设开放基金项目15项，总经费36万元。本实验室基金面向全国科研院校开放，申请来本实验室开放研究单位包括四川大学、中国农业科学院、安徽农业大学、东华大学、青岛大学、南京信息工程大学等。基金研究内容涉及研究方向核心内容。开放基金特别鼓励申请者利用本实验室平台条件与研究人员水平，解决申请单位部分难题。同时，培养与提高外单位青年科研人员竞争力，特别提高其申请国家与省部项目能力，增强学术竞争力。